Las Islas Molucas ocupan una importante región geográfica entre Indonesia y las Islas de Nueva Guinea, Melanesia y Micronesia y Polinesia. Están habitadas por hablantes de lenguas papuanas en el norte y por hablantes de lenguas austronésicas, sin relación con las anteriores, en el sur. Ambas poblaciones se han influido mutuamente durante 3.500 años, lo que han producido una gran dosis de interrelaciones lingüísticas.

Las lenguas de la isla de Halmahera pertenecen a esas dos familias: austronésica (originaria de Asia continental vía Taiwan) en el sur y papúa occidental (uno de los diversos grupos de lenguas papuanas en la región occidental de Nueva Guinea) en el norte.

Las lenguas papuanas de Halmahera septentrional se pueden incluir en un grupo septentrional que pertenece a la familia papuana occidental, cuyo nivel más alto de diversidad lo hallamos en la región de Nueva Guinea occidental. Tal vez las lenguas papuanas occidentales de Halmahera fueron traídas a la isla por emigrantes de Nueva Guinea.