La rama sudanesa oriental de la familia nilo-sahariana comprende el mayor número de lenguas de este familia y presenta el cuadro más complejo de clasificación genética. En una manera amplia se puede dividir en tres grandes grupos: oriental, occidental y nilótico, teniendo éste último dos grandes sub-grupos a su vez.

El grupo sudanés oriental consiste de diez subgrupos:

• Nilótico, que se extiende desde el sur de Sudán por Uganda, Kenia y el norte de Tanzania. En el subgrupo nilótico están la shilluk, dinka y nuer en Sudán meridional, acholi en Uganda noroccidental y luo en Kenia occidental, en el lado oriental del Lago Victoria. Otras lenguas agrupadas a veces bajo el nombre de nilo-camitas son la bari y lotuko, habladas en el extremo meridional de Sudán, la karamojong en el norte de Uganda (al este de la acholi) y su vecina y pariente cercana la turkana, junto a la frontera con Kenia; la nandi y suk, al sur de la karamojong, la masai o maasai o maa, que se extiende desde el sur de Kenia hasta le norte de Tanzania.

• Nubio, que se habla a lo largo del Nilo desde Asuán en Egipto hasta Marawi en Sudán. Un grupo de estas lenguas conocido a veces como alto nubio se hablan en la montañas Nuba en la región meridional Kordofán del Sudán. El nubio del Nilo se divide en tres lenguas, si bien la más septentrional, kenuzzi, y la más meridional, dongola, están muy relacionadas; la mahas, localizada entre ambas es un pariente más distante, teniendo un subdialecto, fadidja, hablado al norte.

• Murle-didinga designa un grupo de lenguas estrechamente relacionadas habladas a ambos lados de la frontera sudano-etíope, siendo la murle y la didinga lenguas individuales dentro del grupo.

• Nara (barea) es una lengua de Eritrea occidental hablada al norte de Kunama.

• Tama, es un grupo de lenguas habladas a ambos lados de la frontera chado-sudanesa y estrechamente relacionadas entre sí. En ellas están la merarit (mararit) y la tama.

• Gaam (también denominada ingassana o tabi) se halla en el este de Sudán cerca del Lago Ar-Rusayris.

• Daju o dagu, es el nombre de otro grupo de lenguas relacionadas habladas en enclaves muy distanciados en Chad y Sudán.

Además de estos grupos el lingüista Greenberg añadió otros tres que son: nyangiya o teuso, grupo de dialectos hablados en el norte de Uganda; temein, lengua de la región Kordofán del Sudán y nyima o nyimang, localizada en esa misma región. La lengua afitii, unos 160 km. al norte debe ser agrupada en este último grupo.