En 1754 conoció al dramaturgo alemán Lessing, paladín de la emancipación judía y cuya obra Nathan el Sabio, está inspirada en Mendelssohn. También Lessing publicó la obra de Mendelssohn Discursos filosóficos que le dio renombre como escritor respetado. En 1767 Mendelssohn publica su Phaedon, diálogo sobre la inmortalidad del alma y uno de los libros más leídos de su época, convirtiéndose la casa de Mendelssohn en foro de encuentro para intelectuales. Era algo asombroso lo que estaba ocurriendo: Un judío había llegado al pináculo del prestigio cultural en una Alemania donde ser judío era considerado algo vergonzoso y degradante. También trabó amistad con Kant, el filósofo de Königsberg.

La lengua de los judíos en Alemania era el yiddish, lo que de alguna manera servía para cerrar aun más el círculo de aislamiento en el que vivían; pero Mendelssohn estaba escribiendo sus libros en alemán literario, rompiendo así los muros y barreras que de otra manera hubieran hecho imposible que su obra hubiera circulado ampliamente. Estaba convencido que para la emancipación del pueblo judío en Alemania era necesario el aprendizaje y uso del alemán. Es por eso que va a acometer una tarea que le granjeará admiración y repudio al mismo tiempo: La traducción de la Biblia, el Pentateuco y los Salmos, al alemán, acompañada de un comentario hebreo. Algunos, especialmente los rabinos de Alemania y Polonia, se echaron la manos a la cabeza amenazando con la excomunión al que la leyera, pero en otras partes, Holanda, Dinamarca, Inglaterra y Francia, fue solicitada ampliamente. La idea de Mendelssohn era familiarizar a su pueblo con la mentalidad moderna sin dejar sus raíces espirituales; era tender un puente entre dos mundos: el antiguo de la Biblia y el moderno de la lengua alemana.

También hizo traducir al alemán el escrito que Manassé ben Israel dirigió a Cromwell titulado 'La esperanza de Israel', en el que se abogaba por la emancipación de los judíos. El 4 de enero de 1786 a la edad de cincuenta y siete años Mendelssohn moría suspirando por la mejora de las condiciones de su pueblo.