Emanuel Tremmelius nació en Ferrara (Italia) de padres judíos, por lo que fue educado en la lengua hebrea. Hacia 1530 entró en contacto con cristianos, siendo bautizado diez años más tarde por el cardenal Reginald Pole. Al año siguiente fue nombrado profesor de hebreo en la escuela creada en Lucca por Pietro Martir Vermigli. Pero la introducción de la Inquisición le obligó a huir, encontrando refugio y campo de trabajo en Estrasburgo como maestro de hebreo en la escuela que dirigía Johann Sturm. La Guerra de Smalkalda le obligó a salir de esa ciudad, aceptando una invitación del arzobispo Cranmer desde Inglaterra para que se ocupara de la cátedra de hebreo en Cambridge en 1549. Tras la ascensión de María Tudor al trono en 1553, Tremellius con su familia tuvo que huir de nuevo, encontrando asilo en el Palatinado, donde se hizo cargo de la educación de los tres hijos del duque Wolfgang.

Aunque Calvino quiso que fuera a Ginebra para ser parte del claustro de profesores de Antiguo Testamento, no pudo atenderla, aunque le hubiese gustado aceptar la invitación, pues el duque se opuso a dejarlo marchar. Finalmente en 1561 el elector Federico III el Piadoso le llamó a Heidelberg, donde Tremellius se doctoró en teología. Hacia 1570 comenzó la que sería su gran obra: la traducción del Antiguo Testamento al latín, siendo asistido desde 1575 a 1579 para la realización de la misma por su yerno Franciscus Junius. El trabajo fue impreso en cinco volúmenes y recibió una buena acogida. Tras la muerte del elector Federico III en 1577 fue despedido de su posición en Heidelberg, siendo llamado a la ciudad francesa de Sedan para enseñar en la recién creada academia. Allí pasó los últimos días de su vida al servicio de los estudiantes franceses, tal como había hecho antes con los de Italia, Alemania e Inglaterra. Tremellius fue considerado uno de los eruditos orientalistas más capaces de su tiempo.