José de Sigüenza nació en la ciudad que lleva su nombre, si bien no hay seguridad de que el tal fuera su verdadero apellido o bien fuese el que adoptara al ingresar (1567) en la orden de los jerónimos en honor de la ciudad que le vio nacer.

Fray José de Sigüenza

Fue sucesor del hebraísta Benito Arias Montano al frente de la biblioteca de El Escorial (Madrid) y compuso una Historia de la Orden de San Jerónimo, en cuya primera parte inserta la Vida de San Jerónimo. Por influencia de Arias Montano se produce, hacia 1589, un cambio trascendental en fray José, materializado en su predicación, inspirada en el evangelio en lugar de fábulas y poesías, y en su valoración de la Biblia: 'Como me dejen a Arias Montano y la Biblia no se me da nada que me quiten los demás libros.' Aconseja a un fraile que deje a un lado los libros de oración y se aplique a leer los evangelios. Tradujo los evangelios al castellano intitulándolos La Historia del Rey de Reyes y Señor de los Señores Cristo Señor nuestro. Esta obra no ha sido publicada y se conserva el manuscrito en la biblioteca de El Escorial. También escribió comentarios a los libros del Génesis, Deuteronomio y Eclesiastés.

Aunque disfrutó del favor de Felipe II, quien llegó a decir de él:

"Los que vienen a ver esta maravilla del mundo (El Escorial), no ven la principal que hay en ella si no ven a fray José de Sigüenza."

y fue reconocido como un eminente predicador y escritor, con todo no pudo esquivar el ataque de la Inquisición ante la cual fue denunciado anónimamente. Doce cargos se lanzaron contra él de los cuales nada se sabe con certeza (aunque el principal catedrático de teología del Colegio de San Lorenzo lo acusa de luteranismo, wiclefismo y judaísmo) sino que causaron indecible sufrimiento a fray José. Un biógrafo suyo, Juan Catalina, afirma que la acusación se debió a:

"Suspicacias de teólogos sutiles, envidias de claustro, o el torpe celo que en ocasiones ha cubierto con los negros vapores de la calumnia las grandes figuras de la Iglesia."

Nunca tuvo buena salud y como consecuencia de antiguas enfermedades murió en El Escorial de un ataque de apoplejía.