La masacre y esclavitud de los apalachees por los ingleses en 1703-4 prácticamente extinguió su lengua. Gallatin en su clasificación de las lenguas americanas consideró al apalachee una lengua aislada. Pero Buckingham Smith descubrió y reprodujo un texto, clasificando la lengua entre las muskogeanas por la fuerza de varias palabras maskoki (principalmente nombres) que estaban en el mismo.

La lengua apalachee (Norte de Florida) está extinguida conociéndose sólo a través de un documento escrito al rey Carlos II de España en 1688 y publicado en facsímil en 1860. Este documento ha sido analizado en detalle por varios eruditos, recuperándose un total de 120 vocablos del vocabulario. También se dice que había documentos adicionales escritos en apalachee en La Habana en 1844, pero no se sabe dónde están.

 
Carta al rey Carlos II de España

Fragmento del texto de la carta

Esta lengua se distingue de las demás muskogeanas porque los sufijos comunes a las mismas no están presentes. Está etimológicamente reclacionada con la choctaw. Morfológicamente la lengua muestra un plan sintáctico más extenso, pareciéndose a la hitichiti. Fonéticamente la lengua difiere mucho de la choctaw septentrional, como la hooma y alibamu. El orden de la frase es rígidamente sujeto, objeto y verbo.  El sistema consonántico apalachee es el siguiente: