Los registros más antiguos que tenemos sobre lenguas sub-saharianas son documentos que datan de los siglos X al XII y aunque unas pocas listas de lenguas africanas se recopilaron durante la Edad media, no fue hasta los siglos XV y XVI cuando los europeos comenzaron a recolectar información en cierta cantidad. Durante el siglo XVII hubo un florecimiento del estudio en estas lenguas, incluyendo diccionarios de copto, nubio y congo y gramáticas de nama (hotentote), congo, geez y amhárico, entre otras.

Durante el siglo XVIII se reconocieron tres lenguas bantúes como procedentes de un mismo antecesor, el cual se pensó, incorrectamente, que todavía existía. Es posible que para 1778 William Marsden reconociera el grupo bantú, aunque el primer documento escrito sobre esto es del 1816. Este temprano reconocimiento del grupo bantú no es sorprendente, pues está formado lenguas fuertemente relacionadas y que cubren un gran territorio de las dos terceras partes del África meridional. Con el grupo bantú ocurre algo similar al grupo romance de lenguas indoeuropeas: son lenguas tan estrechamente relacionadas entre sí que es fácil discernir su parentesco.

El otro grupo lingüístico que fue reconocido en el siglo XVIII fue el semítico. El erudito alemán Ludwig von Schlözer es reconocido como el primero que definió y etiquetó a la rama semítica en 1781, si bien la afinidad entre el hebreo, árabe y arameo estaba en conocimiento de estudiosos judíos y árabes desde hacía siglos; igualmente los europeos tenían constancia de ello debido a la proximidad geográfica y a que el Antiguo Testamento fue escrito en hebreo y arameo. Hacia 1700 Hiob Ludolf, que había escrito gramáticas de geez y amhárico (lenguas semíticas etiópicas) enunció la extensión de la rama semítica al este de África.

Durante la primera mitad del siglo XIX se añadieron dos familias lingüísticas: la bantú y la nama, haciéndose el primer intento de clasificar las lenguas africanas en su totalidad en 1826. Dicho intento fue obra de Adrien Balbi quien conectó las lenguas nama con las bushman, las cuales a su vez eran diferentes a las habladas por los bantúes negroides alrededor. Más aún las nama y bushman poseían chasquidos como nota característica, si bien la demostración lingüística de conexión genética entre estas lenguas llegó más tarde. 

También en 1860 se reconoció un grupo de lenguas conocidas como camitas, en las que se incluía el antiguo egipcio (extinguido), bereber y cusítico, comprobándose más tarde una relación de estas lenguas con las semíticas, lo que reunificó a ambos grupos en uno sola familia denominada entonces camito-semítica. Sin embargo había un grupo residual de lenguas que no encajaban dentro de ninguna de estas familias y que posteriormente serían encuadradas en un cuarto grupo denominado nilo-sahariano.

En África se hablan unas 1.500 lenguas pertenecientes a cuatro familias lingüísticas: la afroasiática, que se extiende por un amplio cinturón que cubre la mayor parte del tercio septentrional del continente y llega al oeste de Asia; la congo-kordofán, que se compone de más de 1.000 lenguas y se habla por las dos terceras partes meridionales de África, con la rama bantú ocupando la mitad meridional del continente; la nilo-sahariana que se hallan en la región central y central-oriental de África, salvo una lengua, la songhai que se habla en África occidental (Malí, Burkina Faso, Níger); y finalmente las lenguas de la familia joisana, que en su día se hablaron por la mayor parte del tercio meridional de África pero que actualmente y debido a la expansión bantú y a la ocupación europea sufren de extenuación y muchas se han extinguido; hay varias docenas de lenguas joisanas que se hablan por grupo pequeños en Sudáfrica, Namibia, Bostwana y Angola, donde las lenguas dominantes son bantúes (zulu, xhosa) o indoeuropeas (afrikáans, inglés); las dos lenguas joisanas más divergentes se hallan en el norte de Tanzania.

Además de las cuatro familias mencionadas anteriormente, habría que añadir la representación que la familia indoeuropea tiene en la lengua afrikáans y la que la familia austronésica tiene en la malgache.

En cuanto a la escritura, sólo la poseen en torno a la mitad de las lenguas africanas y algunas no tienen más testimonio escrito que unos fragmentos del Nuevo Testamento. Los alfabetos, excepto en el caso del árabe y de algunas lenguas de Etiopía, están basados en adaptaciones del alfabeto romano introducido por los movimientos misioneros. Algunas tribus han desarrollado su propio silabario, tal es el caso del vai de Liberia y el bamún del Camerún.

Con la excepción de unas pocas, todas las lenguas al sur del Sahara son, independientemente de su afiliación genética, tonales, esto es, las diferencias de tono en una sola sílaba hacen que cambie el significado de una palabra, de un prefijo o de un sufijo, e incluso la función gramatical en la oración. Por ejemplo, todas las lenguas que pertenecen a la rama chádica de la familia afroasiática lo son, así como las omóticas y algunas cusíticas; igualmente lo son todas las joisanas estudiadas hasta el momento y las nilo-saharianas, ocurriendo lo mismo con las pertenecientes a la familia nígero-congoleña, con la excepción de la wolof, serere y fula de la rama atlántica, así como la swahili de la rama bantú.

Por ejemplo, en un dialecto nigeriano kwi en tono alto significa 'navaja', con tono medio, 'piedra de molino' y con tono bajo 'pollo'; en el caso de dos sílabas seguidas como ku bi, si las dos se emiten en un tono medio significa 'él vino', pero si se emite la primera sílaba en un tono alto significa 'tiene que venir'. En las lenguas nigero-congoleñas, los distintos tipos de pronombres pueden distinguirse únicamente por la altura tonal. En general, tales distinciones tonales, así como las de intensidad, se omiten en la escritura; sin embargo, para que el lector pueda distinguir las diferencias de significado, habría que indicarlas bien con acentos, bien con otros signos diacríticos, que pocos diccionarios y gramáticas de las lenguas africanas incluyen.

Es muy improbable que el tono se desarrollara independientemente en las familias lingüísticas mencionadas anteriormente, por lo que cabe pensar que esta característica se difundió traspasando las fronteras genéticas a través del continente africano.